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学校1958年开始招收五年制本科学生，是全国首批硕士学位授予单位，具有博士学位授予权。现有临床医学一级学科博士点;有临床医学、中药学、生物学、生物医学工程、基础医学、中西医结合、药学、护理学等8个一级学科硕士点。设有临床医学一级学科博士后科研流动站。拥有推荐优秀应届本科毕业生免试攻读硕士学位资格。现有1个国家工程技术研究中心、1个省部共建国家重点实验室培育基地、11个省部级重点实验室(研究中心)，1个省“2011协同创新中心”，2个省“重中之重一级学科”、1个省重中之重学科和10个省重点学科。
学校有32个本科专业和1个七年制本硕连读专业，涉及医学、理学、工学、管理学、文学、法学、教育学等七大学科门类。目前有全日制在校生15000余人(不含独立学院——温州医科大学仁济学院)，其中博士研究生95人，硕士研究生2500余人，学历教育留学生600余人。学校已形成从本科生到硕士生、博士生及博士后，从全日制到成人教育、留学生和港澳台学生教育全方位、多层次的人才培养体系。
学校现有教职员工及医护人员9300余人(含各直属附属医院)，其中具有高级专业技术职务1400余人。学校本部现有专任教师1319人(不含独立学院)，其中具有正高级专业技术职务298人，具有副高级专业技术职务360人。拥有临床医学一级学科教授评审权和10个一级学科副教授评审权。一批优秀教师入选国家“万人计划”、国家“千人计划”、“长江学者奖励计划”、国家“百千万人才工程”、教育部“新世纪优秀人才支持计划”、浙江省特级专家、省“千人计划”、省高校特聘教授、省“151人才工程”等。
目前学校拥有国家特色专业建设点4个、国家级教学团队1个、国家级人才培养创新实验区1个、国家级实验教学示范中心1个、国家级精品课程5门、国家双语教学示范课程1门、国家级精品资源共享课程2门、省重点(建设)专业10个、省“十二五”优势专业建设项目5个。获有国家级教学成果二等奖2项、省级教学成果奖一等奖5项。在历年全国临床执业医师资格考试中，学校毕业生的成绩在全国百余所设有临床医学类专业的高校中一直处于先进行列。
近年来，学校承担省部级以上科研项目900余项，其中国家级科研项目440余项，科研成果获得省部级以上奖励50余项，其中获国家科技进步奖二等奖4项(其中3项排名第一，1项排名第二)、国家技术发明奖二等奖1项、中华医学科技奖一等奖3项、中国药学会科技奖一等奖1项、浙江省科学技术奖一等奖7项。
学校积极推进教育国际化，与18个国家(地区)的71所高校、教育科研机构建立了良好的交流合作关系，开展包括互派学者、联合培养博士生、互派留学生、合作研究等各种形式的合作项目。分别与泰国东方大学、纽约州立大学合作成立了孔子学院。
学校现有3个校区，总占地面积1390亩，校舍建筑面积55万多平方米。图书馆文献215万册。学校主办、编辑出版5种学术期刊、1种学术报刊，其中3种期刊入选“中国科技核心期刊”，《中华眼视光学与视觉科学杂志》为中华医学会系列杂志。学校拥有5所附属医院，其中4所为三级甲等医院，同时在浙江省各地设有15所非直管附属医院(临床学院)。
学校的发展定位是：以本科教育为主，积极发展研究生教育;以医学学科为重点，多学科协调发展;立足浙江，服务全国，面向世界;办学特色鲜明，在国内外有一定影响的高水平教学研究型大学。
